Нет, не «как обычный Arduino», но на языке C (или C++) — да, и в среде Arduino IDE работать можно — с оговорками.
В чём разница. «Обычный Arduino» (например, Uno) в Arduino IDE прошивается через загрузчик (bootloader) и стандартный порт. А ATmega128 с программатором USBASP прошивается через ISP (внутрисхемно), минуя загрузчик. То есть сам процесс загрузки прошивки другой, а язык и синтаксис — те же самые.