Главный герой — майор Натан Спенсер, бывший бионический коммандос. Его осудили за измену и приговорили к смерти, но спустя годы правительство решает вернуть его в строй: город Асеншн‑Сити разрушен в результате теракта, а справиться с новой угрозой могут только бойцы с особыми возможностями. Спенсеру возвращают его бионическую руку и отправляют в руины города, чтобы раскрыть планы террористической организации «Био‑Рейх» и остановить их проект «Гриф». По ходу миссии вскрываются предательства, а сюжет подводит к масштабной развязке с неожиданными поворотами.