Спустя двести лет после событий «Чужого 3 » лейтенант Эллен Рипли клонируется военными учёными, заинтересованными в Королеве Чужих, для которой она стала носителем. Подобно «Компании» из предыдущих фильмов, военные намереваются использовать Королеву для создания армии биологического оружия. Но затем что-то идёт не так; изучаемые ими Чужие сбегают и заполоняют научный корабль. Четверо оказавшихся в ловушке героев — Рипли, Колл, ДиСтефано и Кристи — должны уничтожить Чужих и благополучно вернуть корабль на Землю.
Игровой процесс представляет собой стандартный шутер от первого лица с ограниченным количеством патронов и множеством препятствий, которые нужно обходить или находить переключатель для их отключения. Игрок переключается между четырьмя главными персонажами на каждом уровне, каждый из которых обладает немного отличающимся набором способностей (у Колла есть датчик движения, у Кристи — его парные пистолеты из фильма). Уровни построены на поддержании работоспособности «Ауриги» и прокладывании пути через корабль для побега.
В игре используется настоящий 3D-движок, позволяющий создавать лестницы, комнаты, расположенные одна над другой, а также возможность смотреть вверх и вниз. Чужие также используют трёхмерное пространство и могут ползать по стенам и потолкам или выпрыгивать из тени для атаки. Активно используется скриптинг для создания кинематографических моментов (например, когда Чужой преследует убегающего охранника) на протяжении всех уровней.