Персонажи вселенной G.I. Joe разделены на две противоборствующие фракции: героический международный элитный спецотряд G.I. Joe под командованием генерала Хока, полевой тактик Дюк, молчаливый ниндзя Снейк Айз, у которого сложные сопернические отношения со своим клановым братом Сторм Шедоу, первая женщина разведчик и боец Скарлетт, тяжёлый пулемётчик и повар Роудблок, а также специалисты по авиации Уайлд Билл, морские водолазы, подрывники, эксперты по психологической войне, следопыты, медики и хакеры, покрывающие сухопутные, морские, воздушные, разведывательные и медицинские задачи; террористическая организация Кобра создана замаскированным Командиром Кобры, его жестокая правая рука Баронесса занимается диверсиями и убийствами, оружейный магнат Дестро поставляет всё вооружение и строит планы захвата власти, безумный учёный доктор Майндбендер занимается клонированием и контролем разума, мастер перевоплощений Зартан руководит бандой байкеров Дредноков, также есть рядовые бойцы Кобры: водолазы, пилоты, огнемётчики и ниндзя-охрана. Персонажи охватывают архетипы ниндзя, спецназовцев, учёных, шпионов и наёмников, образуя целостную систему с чёткими боевыми специализациями для коллекционных военных фигурок.